Cốt truyện phim Cô chủ trọ đáng thương và những cuộc hiếp dâm đau đớn kể về những tháng năm đau khổ đến cùng cực của Shoko Takahashi, cô chủ nhà trọ tại khu nghỉ dưỡng suối nước nóng này đã bị nhiều khách thuê trọ hiếp dâm mà chẳng giám lên tiếng tố giác chỉ đành ngậm ngùi chấp nhận những khổ đau về mình.